Doctorando en Ciencias Biológicas es aprobado con distinción máxima en tesis sobre identificación de blancos transcripcionales

Defensa de tesis

Doctorando en Ciencias Biológicas es aprobado con distinción máxima en tesis sobre identificación de blancos transcripcionales

El alumno del Doctorado en Ciencias Biológicas área Biología Celular y Molecular, Carlos Farkas Pool,  logró un sobresaliente en trabajo de tesis titulado “Identificación de blancos transcripcionales de Sall2”.

El primer viernes de julio, Carlos Farkas Pool, alumno del Doctorado en Ciencias Biológicas área Biología Celular y Molecular, realizó la defensa pública de su tesis titulada “Identificación de blancos transcripcionales de Sall2”, que fue evaluada con la nota máxima.

“El objetivo primordial de mi tesis fue disectar los blancos transcripcionales de un factor de transcripción, en este caso es el Sall2, que estudia el grupo de la Dra. Roxana Pincheira, y utilizamos estrategias con un modelo murino (que consiste en el uso de cepas de ratones para estudiar una enfermedad humana)  y otras para poder tratar de responder esta incógnita. Además, durante el transcurso de la tesis, desarrollamos un módulo, que tiene que ver con la genética de los modelos murinos, en el cual también incluimos el modelo de sall2, bajo supervisión genética”, comentó el alumno.

Su profesora guía, la Dra. Roxana Pincheira, profesora asociada del Departamento de Bioquímica y Biología Molecular,  añadió que los factores de transcripción son proteínas que unen ADN y después logran expresar distintos tipos de genes en distintos contactos, y además profundizó en el trabajo de Carlos Farkas mencionando que “la idea inicial era identificar blancos transcripcionales de un factor de transcripción, esto nos interesaba porque el factor que estudiamos en el laboratorio ha sido asociado a varios tipos de cáncer y existe controversia con respecto a la función que tiene en esta patología, tratando de ver si puede actuar como supresor tumoral, o sea como un freno en la proliferación celular, o un gatillante de la enfermedad, entonces era importante definir cuales son sus blancos”.

Es con ese fin que el alumno trabajó, sin embargo su investigación no estuvo exenta de dificultades, ya que al utilizar distintas metodologías, se dio cuenta que los resultados no coincidían. “Al principio tuvimos resultados que nos indicaban ciertos genes asociados a ciertas funciones biológicas que podrían ser interesantes y relacionadas con el cáncer, por ejemplo genes asociados a adhesión celular, a muerte celular, procesos que normalmente están alterados en las células cancerosas, pero más allá de eso hubo un poco de controversia por los resultados que Carlos obtuvo a través de distintas metodologías que están en boga actualmente, y al probarlas él se encontró con datos que eran contradictorios o no coincidentes con los datos iniciales, entonces ahí él fue más allá y quiso responder la pregunta de por qué había diferencia entre estas metodologías y, en ese contexto, entró en un tema más profundo que es en la genética de los roedores que son los modelos que actualmente se utilizan para investigar cáncer, entonces esto es muy relevante”, señaló la profesora sobre estas dificultades.

La académica además destacó la creación de un programa computacional y con esto también el cuestionamiento de los modelos que se utilizan mundialmente: “En todos estos modelos se utilizan ratones, y él estudiando estas mezclas se dio cuenta que habían mezclas y cruzas entre ratones que llevaban a resultados que eran falsos positivos, y a través de modelos computacionales, Carlos creó un programa para poder identificar lo que se llama introgresión, o sea cómo a partir de otros genomas de roedores que se utilizaron como material para implantar un embrión dentro de una ratona y crear un modelo, podrían a través de la implantación de esta célula traer el genoma de otro modelo, y en el fondo lo que tratamos de formular es primero llevar al cuestionamiento los modelos que se utilizan actualmente a nivel internacional, y con el diseño de este programa se puede supervisar cómo está la genética para poder realmente sacar las conclusiones que son las correctas, y no dejarnos con resultados que están sesgados por estos background genéticos de otros roedores que están mezclados en todo el proceso de generar el modelo que uno quiere estudiar”.

Sin embargo esta investigación no sólo quedo ahí, ya que se logró ver que a través de este entrecruzamiento de distintas cepas genéticas de diferentes roedores, se producen elementos en el genoma de un ratón que pueden afectar y modificar varias otras características: “A través de estos programas que se diseñaron, se podrían determinar previo a ser estudios posteriores para la funcionalidad de una proteína o gen de interés, entre otros. Además, logramos información al contexto de cáncer que nos interesaba, pero hubo un contexto más amplio que tiene que ver con la ciencia y con el uso de los modelos, y con esto poder supervisar a través de ensayos bioinformáticos y utilizando estos programas, sin tener que hacer secuenciamiento de todo que también incluye un gran costo, para poder sacar conclusiones y validar si el modelo es adecuado o no, que información me va a entregar, qué podría ser contaminación, filtrando, hasta poder quedarnos con lo que realmente es real”, añadió la profesora Pincheira sobre este trabajo.