El Programa de Magíster en Ciencias con mención Oceanografía forma especialistas en el estudio integrado del océano con una sólida formación en las cuatro áreas fundamentales de la Oceanografía Biológica, Oceanografía Física, Oceanografía Química y Oceanografía Geológica, con especialización en una de estas áreas básicas a través de la Tesis de Grado. Esta formación aspira a proveer al estudiante de las herramientas necesarias para participar en la formación de estudiantes de pregrado y postgrado en ambientes académicos y desarrollar investigación independiente. El entrenamiento científico les permitirá además asesorar técnicamente investigaciones que involucren el estudio integrado del ambiente marino. El Programa está enfocado al fortalecimiento de la formación en todas las áreas de la Oceanografía. La Oceanografía Biológica es la más desarrollada e incluye líneas de investigación en Ecología Pelágica y Bentónica, Oceanografía Pesquera, Biología de Poblaciones, Genética de Organismos Marinos, y Acuicultura. Las áreas de investigación en oceanografía física son, entre otras, Ondas Internas, Sensores Remotos, Instrumentación Marina y Mecánica de Fluidos. En Oceanografía Química, las principales áreas de investigación son Geoquímica Orgánica Marina, Ciclos Biogeoquímicos en la Columna de Agua y Sedimentos, Radioquímica, Química de Productos Naturales, Flujos de Materia Orgánica hacia la Interfaz Agua-sedimentos, Biogeoquímica de Metales. Oceanografía Geológica es un área de reciente desarrollo en nuestro Departamento en la que se están orientando diversos recursos humanos a través de contrataciones y proyectos de apoyo docente; las áreas de investigación prioritarias son Sedimentación y Paleoceanografía. Para lograr los objetivos indicados se da especial énfasis al desarrollo de criterios propios del graduando que le permitan contribuir en forma exitosa en la solución de problemas que plantea el ecosistema marino.
El objetivo general de este programa es formar graduados especialistas en el estudio integrado del océano, dotados de las herramientas necesarias para desempeñarse con excelencia en el campo de la investigación oceanográfica, con especialización en las áreas básicas de la Oceanografía (Física y Biológica, Química o Geológica), y con capacidad de comunicar conocimiento científico en contextos académicos y no académicos.