El programa de Magíster en Economía Aplicada es un Magister académico y se crea bajo decreto UdeC. Nº 2006-109, con fecha 15 de junio del 2006. Está destinado a profesionales del ámbito de la docencia, ministerios, organizaciones no gubernamentales, y centros de estudios tanto público como privados, y pretende contribuir a la formación de investigadores, docentes y analistas con énfasis en el análisis cuantitativo para la toma de decisiones complejas tanto en el sector público como en el privado. El Magíster en Economía Aplicada cuenta con dos líneas de investigación: Economía de Recursos Naturales y del Medio ambiente que profundiza la formación en la mirada económica de problemas de contaminación y administración de recursos naturales y la línea de Métodos Cuantitativos que busca profundizar la formación en métodos econométricos avanzados con aplicación directa en problemas económicos de relevancia local y nacional. Ambas líneas constan de una sólida base en teoría económica, junto con una formación de primer nivel en métodos y técnicas aplicadas de análisis cualitativo que les permite desarrollar investigación en cualquier área de la economía aplicada.
Formar graduados con sólidos conocimientos en economía, con capacidad para desarrollar investigación aplicada de excelencia y para desenvolverse como economista en el ámbito público y privado en un contexto de responsabilidad social.